Das Protokoll Verkehr hat zum Ziel, eine für den Alpenraum nachhaltige Mobilität sicherzustellen, die für Menschen, Tiere und Pflanzen erträglich ist. Um dieses Ziel zu verwirklichen, soll die Benutzung der umweltverträglichen Verkehrsmittel, insbesondere durch die Verbesserung der alpenquerenden Eisenbahnachsen, begünstigt werden. Ausserdem sollen im
Grundsatz keine "neuen hochrangigen, alpenquerenden Strassen" gebaut sowie das Prinzip der Kostenwahrheit verwirklicht werden.