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Mit der S-Bahn Aargau 2016ff. soll das Bahnangebot nachfragegerecht ausgebaut werden. Die Angebotsausbauten erfordern punktuelle Ausbauten der Bahninfrastruktur. Weiter werden an verschiedenen Bahnstationen die Publikumsanlagen modernisiert und an die Anforderungen des Behindertengleichstellungsgesetzes angepasst.
Die Gesamtkosten der Investitionen für die S-Bahn Aargau betragen rund 163 Millionen Franken. Der Kanton hat sich mit rund 25 % beziehungsweise mit 39,82 Millionen Franken an den Gesamtprojektkosten zu beteiligen.
Auch die Gemeinden müssen sich nach Massgabe ihres Nutzens beteiligen. Sie haben einen Beitrag von rund 7 Millionen Franken an die Ausbauten der Publikums- und Veloabstellanlagen zu leisten.