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Le projet s'articule essentiellement autour de l'introduction de la notion de crimes contre l'humanité ainsi que de l'énumération expresse des crimes de guerre les plus graves dans la législation pénale. On saisit en outre l'occasion pour procéder à une nouvelle répartition des compétences en matière de poursuite pénale (entre la juridiction militaire et la juridiction ordinaire ainsi qu'entre la Confédération et les cantons). Une adaptation de la Partie générale du code pénal et du code pénal militaire est également prévue (notamment en ce qui concerne le champ d'application de la législation pénale pour les crimes commis à l'étranger).